ISO14001：２００４年版が発行になってから６ヶ月間は新旧どちらの版で審査を受けても構いません。ただし、組織は審査登録機関にどちらの版で審査を受けるか、あらかじめ告げておく必要があります。その後の１年間、つまり新版発行後７ヶ月目から新版発行後１８ヶ月経過までの間は新版で審査を受けることになっています。しかし、要求事項の解釈に変化が出た部分において組織のシステムが満たしていないと審査員に指摘された場合は不適合という扱いにはされません。